Цитирование научной литературы

Проблемой №1 современной науки является так называемый кризис вопроизводимости. Масштаб бедствия хорошо показывает вот эта статья - соцопрос учёных: 70% исследователей не смогли воспроизвести результаты, как и свои собственные, так и чужие. Классическим примером является так называемый Schön scandal. В науке известны аналогичные примеры из, наверное, всех областей знания, что ощутимо бьёт по репутации ведущих институтов.

Bug in Intel Fortran 2018

Наткнулся на замечательнейший баг в компиляторе Intel Fortran 18.0.2 20180210 на институтском кластере под Linux. Есть большой код, который компилируется следующей строкой:

I faced a peculiar bug in Intel Fortran 18.0.2 20180210 on our Linux cluster. A big code compiles using the following command:

ifort -O3  -traceback -DD -debug -check bounds -check format -check uninit -autodouble  -132 -warn none -fpp -no-wrap-margin -heap-arrays -mcmodel=medium -shared-intel -c

Во время исполнения код падает со следующей строкой:

During execution code crashes with the following message:

forrtl: severe (408): fort: (3): Subscript #1 of the array LAYERS_PROP has value -1 which is less than the lower bound of 0

Печатая Землю | Printing the Earth

Визуализация данных - самый важная и часто самая хромающая часть любого исследования. Геофизика - отличный тому пример. Как представить трёхмерные модели блоков земной коры поперечником в десятки и тысячи километров? Чаще всего ограничиваются отдельными сечениями-разрезами: ведь даже на картинке со всей 3D структурой всё будет наложено и переналожено десятки раз. 

Data visualization is one of the most important parts of any research. That's why it is usually absent. For example, in geophysics. How one can represent 3D blocks of the Earth's crust 10 to 1000 km wide? Most of people just end up with one or two cuts through it. Even a 3D image on a 2D plane will have lots of overlapses, so ii might be beautiful, but not very clear.

Три блока ещё на технологической подложке, четвёртый уже отодран (наиболее эффективно использовать зубы челюсти и тонким ножом).

Three blocks still stay on a technological bed, and the fourth one is already free. The most effective removal tools are your own teeth and a thin knife.

Гражданам России, имеющим счета за границей

В начале этого года утвердили поправки в 173-ФЗ “о валютном регулировании...”: все россияне, менее 183 дней в году находящиеся за границей, должны подавать отчётность об открытии и закрытии счетов в банках за границей, а также о движении средств по ним. Срок – до 1 июня, следующего за годом, по которому предоставляется отчётность. Закон имеет ограниченную обратную силу на 2017 год (читаем 427-ФЗ “О внесении изменений...”).

Fortran from punch card era

I was working on one geophysical software, when I found one of the libraries to compute Love and Rayleigh waves is still from the times of punch cards and tapes. Its source fits the standard of fortran pads (here you may take a look on the original release of this utility in the year 1978, including "a translation of a Russian article" to "help understand the theory used").

log(exp(...))

Столкнулся с отличным примером того, как работает машинная точность, и какие от этого могут быть проблемы.

A good example on how does computer precision work and what are the possible consequences.

IELTS

English version below

Австралийская иммиграционная служба потребовала от меня сдачи IELTS General Training. Этот тест изначально предназначен для виз и разрешений на работу, что отличает его от TOEFL и IELTS Academic, ориентированных на приём в ВУЗы. 

I was requested from Australian immigration service to pass English exam (IELTS General Training). This test targets to visas and immigration (while other tests like well-known TOEFL or IELTS Academic are designed for universtities).

Капитолий штата Миссисипи. Больше фото под текстом.

The capitol of the state of Mississippi. More photos beneath the text.

Необходимость тратить время

Человеческий мозг очень энергозатратен и чудовищно эффективен. Выполнение многих работ требует лишь толику его ресурса, так что на поверку даже клинические слабоумные могут успешно справляться с должностными обязанностями. Но у нас нет внутри, как у конфорки на плите, ручки, чтобы её с утра повернуть — и горшочек не варил. Избыток «вычислительной мощности» мозга надо чем-то занять. Нам приходится вести бой с этим бездействием. Почувствовал информационный голод - нужно утолить его.

И эту пустоту легко заполнить. Можно чем-то увлечься, будь то модные телефоны или коллекционирование марок. Можно становиться эрудитом или погружаться в книги. Почему так популярны фильмы про супергероев и видеоигры? Мощнейшие спецэффекты. Картинка столь пестра, ярка и изменчива, что мозг её сможет очень долго переваривать. И, если вдуматься, то это совсем неплохо. Человек пришёл с работы, посмотрел кино, пошёл спать — и проснулся во вполне рабочем состоянии. Ведь отдых, разрядка, переключение внимания — лишь часть того, что делает индустрия развлечений. Она позволяет ещё и потратить время. Избыток свободы, возможности для действий мало кому нужен.

Но не у всех так получается. Что-то может выбить из этого цикла, а кто-то может вообще в него не попасть. А мозг надо чем-то занять. И потому его тратят на вещи, в общем, мало относящиеся к конкретному индивиду или же на те, без которых он и так спокойно может прожить. Кто-то думает о судьбах мира, о политике. Конспирологические теории так популярны, потому что позволяют потратить очень много ресурса — и почти не ограничены. Ни по глубине, ни по яркости, ни по продолжительности. Или ностальгия по прошлому. Или по несбывшемуся.

А есть ещё один хороший работающий метод. Внутренний конфликт. Взаимоисключающие пункты, лежащие в основе личности, в основе логики как системы мышления конкретного человека. Парадокс, который ставится человеком в основу своей личности. Но на него нельзя смотреть. Потому что тогда его придётся решать. Придётся всё разложить по полочкам и подумать. И вокруг создаётся огромный сложный запутанный клубок, иногда даже целый мир, который позволяет не решать этот конфликт. А ресурс мозга успешно тратится.

Не потому ли так легко мы читаем в других свои проблемы? Каждый смотрит на другого своими глазами и прикладывает то, что беспокоит его самого. Обычно даже неосознанно. Так ведь легче найти темы для разговора, легче потратить ещё немного ресурса мозга.

Но иногда логические цепочки замыкает. Либо мысль по кругу ходит, либо ресурсов слишком много уходит на поддержание. И отсюда берутся прокрастинации, апатии и прочее. Когда, обычно даже неосознанно, чересчур много энергии уходит на поддержание статуса-кво, на неизменность внутреннего состояния.

Механизация и автоматизация труда способствуют высвобождению ресурсов мозга. Внутренняя рефлексия проявилась в тех обществах, где было много свободного времени. Те же русские классики литературы, которые могли жить на доходы от крепостных и заклада имущества, и терзания их героев. И психоанализ, кстати, думаю отнюдь не случайно появился именно в конце XIX века — а именно, когда сформировалась нуждающаяся в нём прослойка. Ради одного человека в ней смысла нет, пусть вместе со всеми скоморохов смотрит.

Вообще, очень занятно, насколько потребность мозга в трате своего ресурса, расходе времени находит своё отражение в культурном коде. Размышления о смысле жизни, об отличности от других народов, множество даже незаметных ритуалов, мелочей и нюансов, необходимых, чтобы быть «своим». Потребность человека в трате «вычислительной мощности» перетекает в самоидентификацию личности. "Я" есть "я", и я сознаю себя, и я есть тот-то и такой-то потому, что мне нужно потратить ресурс мозга.

Читатель может спросить меня: а ты, самый умный, куда ресурс мозга тратишь? А я ухмыльнусь, посмотрю пристально и скажу: «мой личный вечный бой с выученной беспомощностью».

Гибралтар - визовый режим

Сейчас я расскажу про особенности визового режима Гибралтара. Эта заморская территория Великобритании – фактически, независимое государство со своей валютой и налоговой политикой, чьи политические и военные интересы представляет Великобритания. Для въезда по российскому паспорту нужна либо действующая британская виза, либо надо подавать на визу заморских территорий (отдельная категория виз), либо можно въехать при наличии действующей многократной шенгенской визы.

Машинная точность вычислений | Machine-Precision Numbers in computations

English text below

Сложные расчёты обычно эффективнее вести на многих отдельных процессорах, чем на одном. Разделение нагрузки между процессорами называется параллелизацией. Важно распределять задачи так, чтобы одни процессоры не простаивали, ожидая данных от других процессоров.

Число Куранта и ускорение расчётов | Speeding up computations and Courant number

English version is below

 

Вчера вечером после года мучений я нашёл, как убыстрить мой код при экстремальных условиях расчёта примерно в 100 раз. С одной стороны, я нашёл это, и аз есмь хорошо. С другой стороны, осознание того, что для этого потребовалось вставить в трёх местах на 6.2 миллионов символов кода цифру "2", меня вымораживает.

Переназначаем кнопки клавиатуры | Remapping keyboard

Столкнулся со странной клавиатурой, где вместо правого control была кнопка для ввода ненужных спецсимволов. Адекватных решений по переназначению кнопки в интернете не нашёл, предлагаю следующее. Работает в системах *nix с утилитой xkb (например, ubuntu).

Вводим в терминале xev, жмём "ненужную" кнопку, чтобы получить её номер. Будет написан как keycode 46 (номер, понятно, зависит от кнопки).
Затем вводим:
sudo nano /usr/share/X11/xkb/keycodes/evdev
Это файл, в котором прописано соответствие кодов от клавиш "логическим" кнопкам. Там пишем что-нибудь типа:
= 46если хотим задать Right ConTroL. Не забываем закомментировать задание этой кнопки, если оно было где-то ещё. Сохраняем файл, перезагружаем компьютер.

Работает после перезагрузки ОС или смены раскладки, чем выгодно отличается от того, что я видел в сети.

Faced a keyboard with a text input button instead of the right control. I found no normal solutions over the internet, so I propose my own one. Works for *nix OSes with xkb manager like ubuntu.

Print xev in terminal and push the redundant button to get it's code (written as e.g. "keycode 46").

Next, print:

sudo nano /usr/share/X11/xkb/keycodes/evdev

It is a file mapping keycodes to "logical" buttons. And here we type something like:

<RCTL> = 46

to set the Right ConTroL or similar for other buttons. Do not forget to comment the previous assignment for this button if there was any. Save the file, reboot the system.

Works after reboots or keyboard layout switching (this is a problem for many internet discussed solutions).

RedOx conditions of ultramafic and gabbroid rocks formation in Yoko-Dovyren intrusive complex

Few days ago I finally received the final preprint of a co-authored paper from master studies times ("RedOx conditions of ultramafic and gabbroid rocks formation in Yoko-Dovyren intrusive complex (based on intrinsic oxygen fugacity measurements in olivines)"), Paper preparation took several years, but finally I'm happy that it got published.

This post described in brief the content of this paper. Since anybody can go inside the paper, this is more informal and backdoor intro. I won't give citations to materials mentioned in this post, however, everybody interested is free to ask :) 

This text in Russian.

The object of studies: mt. Dovyren

Окислительно-восстановительный режим формирования ультрамафитов и габброидов Йоко-Довыренского массива

На днях получил итоговую версию статьи ("Окислительно-восстановительный режим формирования ультрамафитов и габброидов Йоко-Довыренского массива (по результатам измерений собственной летучести кислорода в оливине)"), написанной ещё по результатам магистерской. Несмотря на то, что подготовка статьи затянулась на несколько лет, я очень рад, что в итоге этот материал будет опубликован.

В этом посте я кратко расскажу о сути того, что в ней было написано. Поскольку "официальная" версия напечатана в статье, здесь я напишу более "личное" описание процесса и результата. Поэтому я специально не буду давать ссылок на упоминаемые материалы, а все действительно желающие всегда могут ко мне обратиться за цитированиями. 

This text in English.

Объект изучения - г. Довырен

Время Ляпунова | Lyapunov time

English text below

Земля предсказуема на 95 миллионов лет вперёд. Это меньше длительности геодинамических событий — например, раскрытия Атлантического океана. Все более долговременные построения являются недостоверными, а Земля - непредсказуемой.

Подъём

Бродишь по низким тоннелям, заполненным водой. Даже не бродишь — летишь, летишь по этим проходам. Из золотисто-тёмного камня, они отсвечивают бликами от воды. Ты не знаешь, откуда берётся этот мягкий свет, но он озаряет пути над тёмной водой. А ты смотришь в воду, окунаешь руку в неё, зачёрпываешь. И золотистая вода начинает стекать назад, желевидными комками струясь по рукам, а ты смотришь, и идёшь, паришь, летишь, несёшься дальше. И там вода уже будет сладкая, ты точно знаешь. Сладкая, и будет течь быстро-быстро. А ещё где-то — совсем-совсем тёмная, как каштановый мёд, будет эта вода.

software update | обновление ПО

Который раз сталкиваюсь с тем, что какие-то из моих проблем решаются обновлением софта. Причём часто я чётко формулирую проблему, чтобы затем обнаружить, что она была решена именно за последний месяц.
Из плюсов: можно всегда попытаться сделать ещё одну попытку.
Из минусов: форумы не помогают.

Very often I find my actual problems to be solved with software update. It's funny to realize how many times I was looking for something implemented less than a month ago.
Merit: you always have the last chance.
Demerit: forums do not help.

Кнопка "выкл" | Turn off button

Техники без кнопки "выкл" не должно быть. Сегодня у знакомой завис смартфон. Непрерывно вибрирует, ни на что не реагирует. Конструкция неразборная. Перезагрузить невозможно. Единственный рабочий вариант - ждать, пока не сядет аккумулятор. Не дай бог с такой техникой в поход пойти.

Devices without "turn off" button should not exist. Today a housemate asked me about smartphone. It froze and wasn't responding anything, but vibrated all the time. And it designed in such a stupid way that you can't remove the back lid to take it's accu out. So the only option was just wait until complete discharge. God should save me from having such gadgets in journeys.

Animated PDF

PDF с анимацией - правда или вымысел? Краткое резюме форумов и личных опытов:

• Встроенная в PDF анимация де-факто работать не будет. Нужно иметь PDF и файлы с видюшечками где-то рядом. Возможно, в Windows такой проблемы нет. Возможно, в Windows такой проблемы нет.
• Adobe Reader for Linux последних версий НЕ поддерживает анимацию вообще. Возможно, в Windows такой проблемы нет.
• Под linux работает связка LaTeX + okular.

PDF with animation: myth or truth? The short summary of forums and trials is following:

• A single PDF with fully-embedded animation will not work. Only PDF with external video files works. MS Windows might have no such issue.
• Latest Adobe Reader for Linux does NOT support video at all. MS Windows might have no such issue.
• Linux allows to reach the goal using LaTeX + okular

source.tex:

\documentclass{beamer}
\usepackage{graphicx}
\usepackage{multimedia}
\usepackage{url}
\begin\{document}

\movie[poster, showcontrols]{\includegraphics[width=0.8\textwidth]{drop.png}}{drop.avi}
% showcontrols to show Pause/Resume, Stop and other usual controls
% loop - to repeat the movie endless
% includegraphics - any picture (screenshot) used before video is activated. It sets the frame, so it useful

\end{document}

zram, zswap, hdparm

Для тех, кому нужно много оперативки, но по тем или иным причинам не может увеличить физический объём. Ищите по ключевым словам:
Virtual memory compression - сжатие данных в оперативки с размещением данных в ней же.
Compressed swap - сжатие оперативки в своп на жёстком диске.
Advanced Power Management - чтобы не засыпали жёсткие диски.

В linux решается настройкой zram, zswap, hdparm. Практический бонус - приложение, требовавшее 70 Гб RAM (сборка графики), удовлетворилось менее 7 Гб в пике.

Странно, что некоторые технологии, казалось бы, должны быть появиться давно, а становятся доступными массовому пользователю только сейчас. С Windows 10, Linux kernel от 2014 г., OS X 10.9.

For those who need a lot of RAM, but is limited in it. Try to look for:

Virtual memory compression - compression of data in RAM to be stored in RAM itself
Compressed swap - compression of RAM data to HDD swap
Advanced Power Management - tune it to make your HDD's running

One can use zram, zswap, and hdparm to set it up in Linux. It makes program wanted 70 Gb RAM (graphic processing) to use only 7 at a peak load.

That's curious that a lot of features which might appear a lot of time ago became used only in a few past years. VM compression is available since Windows 10, Linux kernel from 2014, OS X 10.9.