make install: GMP, MPFR, MPC, ISL, binutils, GCC, MPICH, HDF5, libpng, PETSc

Пост про установку связки компиляторов и библиотек GCC + MPICH + HDF5 + PetSC на чистой системе.

Операционная система: Debian 8.2 в стандартной поставке. В систему включён gcc 4.9 (прекомпилированные бинарники).

Конечная цель: скомпилировать и запустить нашу замечательную софтину, StagYY (кому интересно, одна из базовых статей).

Мотивация: так как я пользуюсь достаточно специфической связкой компиляторов и утилит/библиотек, сильно проще искать проблемы совместимости и компиляции (и их решать!), когда они установлены с чётко известными ключами в чётко известном месте, а все зависимости прописаны ручками и/или одобрены глазками.

Постановка задачи: научиться ставить на максимально голой системе из исходников весь необходимый набор софта. Сборка ведётся в домашней директории пользователя. Это позволяет минимально загадить систему при пересборках и экспериментах.

Дополнительные условия: я пользуюсь последними версиями библиотек, которые зачастую новее тех, которые присутствуют в репозиториях debian.

Цель: получить связку действий, которая гарантирует приход к успеху (компиляция софта по работе) на системе с минимальным содержанием софта. Читать: мазохизм.

 Кратко о том, почему я отказался от системного gcc.

Новый Год - 2016

Небольшой (фото)отчётик о Новом Годе и четырёх прекрасных днях в компании замечательных людей

 У нас подобралось общество ультраортодоксальных коммунистов.

Клейма ставить было некуда.

Гессе "Игра в бисер"

“Игра в бисер” Германа Гессе. Грядущее общество, в котором одним из важнейших явлений культуры стала Игра в бисер и маленькая страна-в-стране Касталия, построенная вокруг этой Игры. Изначально придуманная для поиска взаимосвязей между различными явлениями и областями знаний, Игра из инструмента стала state-of-art, предметом искусства и утончённых забав высшей касты. Пережив свой расцвет, когда она была одним из важнейших явлений общества, массовая культура del arte, к моменту событий в романе уже скорее почует на лаврах, чем является реально значимым событием.

Что я увидел в этом произведении? Для меня это был всегда очень сложный вопрос, и в этом случае легче он не стал. Наверное, путь идеи от людей в небытие на волю. Сначала появляется какая-то идея, она увлекает за собой людей - ведь она может решать какие-то вопросы. Однако, решая эти вопросы, она и сама насыщается ими - как появляются упомянутые в книге справочники комбинаций - и становится из инструмента вещью-в-себе. Вещь-в-себе требует послушников - и вокруг Игры формируется орден. Появляется "классическая" иерархия, более того, орден становится финансируемым - и из формы досуга он становится образом жизни. По мере усложнения метаязыка игры он становится всё более и более элитарным - что и ведёт к его дальнейшей самоизоляции. Положительная обратная связь.
Для меня чётко прозвучало указание Гессе на то, что общество без цветовой диффенциации штанов не имеет цели, не решающее конкретных, пусть и долгосрочных, задач, не имеющее цели своего развития, превращается в формализованную систему. Отсутствие цели приводит к ритуалам вместо действий. Ритуалы неадаптивны - и общество становится болотом.
Какой мог бы быть из этого выход? Переназначение целей. Цели должны опережать ритуалы. Но в романе не указаны те, кто мог бы переназначить цели. Мы не знаем, чем заканчивается действие в романе и как дальше распорядится орденом судьба. Однако, мне кажется, настрой автора весьма однозначен.

Сама идея метаязыка для описания топологий связей между понятиями и объектами мне крайне близка, потому читал я роман с огромным интересом. Наверное, роман стоит прочитать хотя бы для знакомства с такой концепцией. Читая это замечательное произведение, я не мог удержаться от задания вопросов – и поиска ответов.

Фонарь: найти и перепрятать

Одна из вещей, поразивших мою неокрепшую психику в Швейцарии - это сигнальные фонари. Эти прекрасные устройства висят практически повсюду, создавая уютное тёплое ламповое освещение. Естественно, мне захотелось заполучить такую прелесть в личное пользование. Не менее естественно, что платить за него деньги мне не пришло в голову.

Рис. 1. Фонарь в естественной среде обитания.

Лечим тормоза у MacOS

Примерно полгода мой рабочий десктоп с MacOS начал люто тормозить. При переключении приложений или попытке выполнить какую-нибудь простейшую операцию (выделение текста) он мог спокойно подвиснуть на минуту-другую.
По симптоматике - классика фрагментированного диска. Полез искать дефрагментатор. Мануалы сказали, что проблемы фрагментированности накопителя на MacOS отсутствуют, но проблемы может вызывать ультрабольшое количество файлов. Ок. Полез в свою рабочую папку, порылся по сусекам и удалил порядка 100 000 файлов (средний размер 0.5-10 МБ). Да, понимаю, что сейчас приличный человек судорожно перевёл дыхание. Но да, я и так могу, как выяснилось. Важный момент: рабочая папка находится на другом жёстком диске, и чистка ничего не поменяла: тормоза остались.
Пошёл, прочесал системные директории и папки некоторых приложений. Толку ноль.
Проблема нашлась случайно. Мой почтовый клиент Mozilla Thunderbird внезапно предложил сжать папки, так как это, по его оценкам, может высвободить 1398 Гб (!!!!) места. Я посчитал, использовав для оценки текущее количество писем, в среднем 600 МБ/письмо. С учётом того, что у меня системный диск имеет всего 1.5 Тб, то получается, что Thunderbird съел всё возможное место на диске. Как, зачем и почему - я не понимаю.
Что характерно, после этой чистки тормоза MacOS исчезли. Так что и такое бывает.

Валентин Пикуль "Богатство"

Действие повести-романа Валентина Саввича Пикуля "Богатство" начинается в 1903 году и охватывает несколько лет, включая часть русско-японской войны. Она посвящена попытке японской оккупации Камчатки - тогда дальней и забытой провинции Российской Империи. 

Человеческий фактор в науке

Сейчас я пишу статью по теме моей магистерской диссертации, написанной в ГЕОХИ РАН и защищённой в МГУ им. М.В. Ломоносова. Статья об оценках летучести кислорода в Йоко-Довыренском интрузивном комплексе. Оценка летучести кислорода важна, в том числе, для понимания условий образования оруденения на медь, никель и металлы платиновой группы, которое присутствует в этом магматическом теле. То есть, теоретически, данная научная тема имеет прямое отношение к вопросам образования промышленно-значимых скоплений стратегических металлов.

Для этого комплекса 10 лет назад были сделаны оценки в статьях член-кор РАН Пушкарёв и его коллеги. Эти оценки являются практически единственными для этого объекта, потому я, с учётом принятого в науке стиля ведения научной дискуссии, не вижу возможности отказаться от детального рассмотрения данных работ, с учётом того, что наблюдается разница в несколько логарифмических единиц (да-да 3-4 порядка величины).